จากการแปรรูปในอุตสาหกรรมอาหาร เป็นกระบวนการผลิตที่ใช้เทคโนโลยีและหน่วยปฏิบัติการต่างๆ ในการจัดการกับวัตถุดิบที่เป็นผลิตผลทางการเกษตรให้กลายเป็นผลิตภัณฑ์ที่มี คุณภาพ ซึ่งต้องอาศัยการวางแผนการผลิต การควบคุมกระบวนการผลิต การปรับปรุงและพัฒนากระบวนการผลิต ตลอดจนการเลือกใช้เครื่องมือให้เหมาะสมกับชนิดของวัตถุดิบ โดยคำนึงถึงความเป็นไปได้ในทางปฏิบัติและทางเศรษฐศาสตร์ ซึ่งเป็นการผสมผสานองค์ความรู้ของแขนงวิชาวิศวกรรม วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร เนื่องจากวิศวกรมีความรู้ทางด้านวิศวกรรมและกระบวนการ ส่วนนักวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหารมีความรู้เกี่ยวกับคุณสมบัติของ อาหารทั้งทางด้านกายภาพ เคมี ชีวภาพ และกระบวนการแปรรูปอาหาร หลักสูตรดังกล่าวจะเป็นการผนวกจุดเด่นของทั้งสองสาขาเข้าด้วยกัน เพื่อผลิตบัณฑิตที่มีทักษะข้างต้น ตอบสนองต่อความต้องการของอุตสาหกรรมอาหารในปัจจุบัน
วิศวกรรมการแปรสภาพผลผลิตทางการเกษตรให้อยู่ในรูปของอาหาร วิศวกรรมเก็บรักษาอาหาร และวิศวกรรมการผลิตอาหารสำเร็จรูป นอกจากนี้ยังศึกษาเกี่ยวกับการออกแบบวิเคราะห์และทดสอบเครื่องจักรกลอาหาร ศึกษาระบบควบคุมในการผลิต ตลอดจนการรักษาสภาพแวดล้อมของโรงงานอุตสาหกรรมอาหาร การวิเคราะห์ วิจัยและพัฒนาผลิตภัณฑ์อาหาร อันได้แก่ อาหารและเครื่องดื่มต่างๆ เพื่อปรับปรุงกระบวนการผลิตทางเคมี รวมถึงวิจัยและพัฒนา ค้นหาผลิตภัณฑ์อาหารและกระบวนการผลิตชนิดใหม่ คำนวณและออกแบบกรรมวิธีการผลิต เครื่องจักร และอุปกรณ์ สำหรับใช้ในการผลิตเชิงอุตสาหกรรมเคมี เพื่อใช้ผลิตผลิตภัณฑ์อาหารนั้นๆ ตลอดจนคำนวณและออกแบบระบบและมาตรการความปลอดภัย และการกำจัดของเสีย ทั้งในการผลิต การใช้ การเก็บ การขนส่ง/เคลื่อนย้าย และการป้องกันสิ่งแวดล้อมที่เกี่ยวข้องกับผลิตภัณฑ์อาหารดังกล่าว รวมถึงปฏิบัติงานหลักมูลฐานเช่นเดียวกันกับวิศวกรเคมีทั่วไป แต่มีความเชี่ยวชาญเฉพาะงานออกแบบ ดูแลและควบคุมกระบวนการผลิตอาหารและเครื่องดื่มทางเคมี และงานในโรงงานอุตสาหกรรมอาหาร
ประเทศไทยเป็นประเทศที่อุดมไปด้วยผลผลิตการเกษตรจนได้สมญาว่าเป็นแหล่งผลิตอาหารสำคัญของโลก แต่อย่างไรก็ตามผลผลิตเกษตรในรูปแบบที่ยังไม่ผ่านการแปรสภาพนั้นมีมูลค่าต่ำและไม่สามารถนำไปใช้ประโยชน์ได้สูงสุด การแปรรูปผลผลิตเกษตรเป็นผลิตภัณฑ์อาหารจึงเป็นสิ่งจำเป็นเพื่อลดปัญหาการสูญเสีย ทั้งสามารถนำไปใช้ประโยชน์ได้ในหลายรูปแบบ และเป็นการเพิ่มมูลค่าให้กับผลผลิตเกษตรได้มหาศาล นับเป็นการสร้างรายได้และความมั่นคงทางเศรษฐกิจให้กับประเทศโดยรวม อุตสาหกรรมการแปรรูปอาหารมีความต้องการกำลังคนที่มีความรู้ความเชี่ยวชาญในศาสตร์ที่เกี่ยวข้องกับอุตสาหกรรมการอาหาร โดยเฉพาะด้านวิศวกรรมเครื่องจักรกลและกระบวนการผลิตอาหาร เพื่อสามารถพัฒนาระบบการผลิตให้เหมาะกับยุคโลกาภิวัตน์ที่มีการเปิดเสรีทางการค้า ทำให้เกิดการแข่งขันทั้งภายในและภายนอกประเทศ